1852년(철종 3) 홍직필이 죽은 뒤로는 다시 이항로의 학설을 따라 심즉리(心卽理)의 설에 기울어졌다. 또한 같은 문하의 유중교(柳重敎)와는 대학의 명덕(明德)을 이로 보느냐, 기로 보느냐의 견해 차이로 당시에 큰 논쟁을 일으키기도 하였다.

1874년에 스승의 『화서아언(華西雅言)』을 편집, 간행했으며, 1880년에 선공감가감(繕工監假監)에 제수되었으나 나가지 않았다. 1881년 위정척사(衛正斥邪)를 주장한 일로, 섬에 유배되기도 하였다. 1900년 규장각제학(奎章閣提學)에 추증되었으며, 미원서원(迷源書院) 및 보산서원(寶山書院)에 배향되었다.

저서로는 『중암문집(重菴文集)』 및 별집 『중암고(重菴稿)』·『근사록부주(近思錄附註)』·『학통고(學統考)』·『천군편(天君編)』·『대곡문답(大谷問答)』·『치도사의(治道私議)』·『해상필어(海上筆語)』·『경장문답(更張問答)』·『붕사잡록(鵬舍雜錄)』·『해상록(海上錄)』·『삼강문답(三江問答)』·『구곡문답(龜谷問答)』·『벽산심설연원(壁山心說淵源)』·『척양대의(斥洋大義)』·『남정기문(南征記聞)』·『우촌수담(雨村手談)』·『노강수록(鷺江隨錄)』 등이 있다. 시호는 문의(文懿)이다. (출처 한국민족문화대백과)