1587년 감찰·형조좌랑이 되었으며, 1593년 황주판관으로 왜군을 격퇴, 그 공으로 중화부사가 되었다. 이듬해 홍문관수찬·장령을 거쳐 서천군수를 역임하였다. 1597년 예조정랑으로 있을 때 정유재란이 일어나 고급사(告急使)로 명나라에 파견되었고, 귀국 후 성균관사성을 거쳐 수원부사가 되었다.

삼남대로에 있는 수원은 당시 난을 치르면서 큰 피해를 입고 있었으나, 군민을 잘 다스려 서천군수 때와 마찬가지로 주민들로부터 크게 칭송을 받았다. 1598년에 응교·집의로서 시강원필선을 겸하고, 동부승지·우부승지를 거쳐 형조참의로 있을 때 동지사(冬至使)로 다시 명나라에 다녀왔다. 귀국 후 나주목사를 거쳐, 병조참지·대사간·예조참의를 역임했고, 영위사(迎慰使)로서 관서 지방에 다녀왔다.

이 무렵 척속 기자헌(奇自獻)이 이조좌랑의 추천을 받았으나 끝까지 반대하였다. 1602년 정인홍(鄭仁弘)이 권력을 잡아 성혼을 배척하자, 성혼의 문인이었던 그도 종성부사로 좌천되었다.

그러나 이곳에서 학교 교육을 크게 일으키고, 때마침 오랑캐 수만 명이 침입하자 계교로 적을 물리쳤다. 이 때 피해는 피로자(被擄者) 한 명 뿐이었으나, 기자헌의 농간으로 동래에 유배되었다.

1605년에 풀려나 이듬해 성주·홍주의 외직을 차례로 맡았다. 1608년(광해군 즉위년)에 예조참의가 되었다가 이듬해에 대사성을 거쳐, 1610년에는 충청감사가 되었다. 그 뒤 예조참의·승지·판결사·도승지 등을 두루 역임하였다. 도승지로 있을 때 광해군이 경연을 소홀히 여기는 것을 보고 직언하다가 호조참의로 강등되었으나, 곧 참판에 오르고 1613년에 다시 도승지가 되었다.

이 때 계축옥사가 일어나 사실을 밝히고자 했으나, 어머니의 만류로 상소를 포기하고 도승지를 사직하였다. 1617년에 폐모론이 제기되자 외직을 구해 양양부사로 나갔다가, 이듬해 폐모의 조처가 단행되자 관직을 버리고 여주에 돌아와 지냈다.

1623년 인조반정이 일어나자 조정에 나와 강화도에 위리안치키로 된 광해군을 전날에 북면(北面)한 군주이므로 곡송(哭送)해야 한다는 주장을 펴 주위로부터 오해를 받기도 하였다.

반정 초에 비변사의 합사(合辭)로 대사성에 동지경연(同知經筵)·원자사부(元子師傅)를 겸하는 중책이 맡겨져, 학제를 상정하여 성균관을 다시 크게 일으키는 공적을 남겼다.

이후 곧 대사간에 제수되어 대사성을 그만두어야 했으나, 국왕의 특명으로 그대로 겸하게 되었는데, 대사성으로서 타직을 겸하는 예가 그로부터 비롯되었다 한다. 인조반정 이후 친명정책의 표방과 함께 후금에 대한 적극정책으로 적의 침입이 있으면 국왕이 삼군을 이끌고 송도에 진주한다는 친정(親政)의 계책이 공식적으로 택해졌는데, 이 안이 그로부터 나왔다. 또, 이괄(李适)의 난 때 공주파천의 안을 과감히 제기한 것도 그였다.

공주에 있을 때 자헌대부(資憲大夫)로 승진되고, 환도 후 다시 정헌대부(正憲大夫)로 대사헌에 제수되고, 또 우참찬이 되었다. 대사헌을 다섯 번 겸하고, 한꺼번에 네 가지 직임을 겸하기까지 하여 격무로 병을 얻어 63세에 죽었다. 저서로 『근사록석의(近思錄釋疑)』와 『수몽집』이 있다. 우의정에 추증되었고, 시호는 문숙(文肅)이다.